Az állandó hadiflotta alapját II. József vetette meg 1786-ban. A tengerész személyzet akkoriban 160 főből állt. 1805-ben ez a létszám 600 főre duzzadt. Amikor Velence és hajóhada 1815-ben Habsburg-fennhatóság alá került, a testületi szám 2700-ra, majd két esztendő elteltével 3013-ra emelkedett, s nagyjából az ezernyolcszázötvenes évek végéig változatlan maradt. Államjogilag a haditengerészet közvetlenül az uralkodónak rendeltetett alá, Magyarország a kiegyezésig nem járult hozzá fenntartásához.

Az egyre gyarapodó osztrák kereskedelmi flottának a birodalom gazdasági életében betöltött növekvő jelentősége tette szükségessé a védelmét szolgáló haditengerészet fejlesztését, hiszen akkoriban még virágzott a tengeri rablás, kalózkodás a Földközi-tenger térségében. A fejlesztés arányát mutatja, hogy a flotta mozgósítási személyi állománya a tengerészgyalogsággal együtt 1859-ben 11 ezer embert tett ki. Ugyanekkora volt az 1864. és 1866. évi háborúk idején a létszám a 426 tengerésztiszttel együttesen.

1862-ben kivették a haditengerészetet a Hadügyminisztérium joghatósága alól, és önálló Tengerészeti Minisztériumot hoztak létre, amelyhez – attól fogva – a kereskedelmi hajózás ügyei is tartoztak.